A CPTM pretende adequar todas as suas estações até o ano de 2026. Dentro das melhorias previstas em diversas linhas da estatal estão modernizações, reconstruções e, inclusive, construção de novas paradas.
O plano de negócios da CPTM estabeleceu como metas para o ano de 2023 a finalização de obras na estação Engenheiro Manoel Feio da Linha 12-Safira e a assinatura de contratos em duas estações da Linha 10-Turquesa.
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As estações Santo André e Mauá, as maiores do ramal na região do ABC, deverão passar por obras de acessibilidade universal e NR 24, que versa sobre o conforto e higiene do trabalho.
Para além destas estações, a CPTM apresentou no Fórum de Debates – Ferrovias em Foco um plano que ao todo soma R$ 1,7 bilhão de investimentos.

Além das melhorias já citadas, a estatal pretende iniciar ainda no ano de 2023 as obras para reconstrução da estação Aracaré, que deverá ser remodelada para atingir um maior padrão de qualidade.
No ano de 2024 a empresa pretende iniciar a reconstrução da estação Rio Grande da Serra e as melhorias na estação Itaquaquecetuba.

Duas estações que deverão passar por processo de reconstrução são a estação Ipiranga da Linha 10-Turquesa e a estação Mogi das Cruzes na Linha 11-Coral.

Para o ano de 2026 a CPTM deverá modernizar as estações Jundiapeba, Bráz Cubas e Estudantes, todas da Linha 11-Coral. As estações União de Vila Nova e Lajeado também deverão ter suas construções iniciadas.

Ainda estão em estudo a construção de três novas estações, sendo duas na região central e uma na Linha 10-Turquesa. As estações Pari e Bom Retiro se localizam nas proximidades da estação Luz.
A estação ABC Pirelli será construída entre Santo André e Capuava no local da antiga parada. Algumas destas estações possuem projetos em discussão com a iniciativa privada.