Enquanto vê suas linhas de trens metropolitanos serem concedidas, a CPTM está estruturando novas ligações regionais no estado. A companhia estabeleceu dentro de seu plano de metas o projeto da ligação entre a Baixada Santista e Cajati.
O traçado ferroviário que ligava a Baixada Santista até o Vale do Ribeira foi construído entre 1913 e 1915. O ramal atendeu a demanda de passageiros até 1997 e de carga até 2003, quando foi desativado poucos anos após a concessão.
A CPTM estabeleceu como compromisso para 2025 o estudo de uma ligação regional, sendo realizado neste momento o levantamento aerofotogrametrico da ferrovia existente. A meta é de que os estudos sejam finalizados em 2028.
A ligação entre Samaritá (São Vicente) até Cajati possui 214 quilômetros de extensão e 16 estações passando pelos municípios de São Vicente, Praia Grande, Mongaguá, Itanhaém, Peruíbe, Itariri, Pedro de Toledo, Miracatu, Registro, Jacupiranga e Cajati
No período em que esteve operacional pela antiga estatal Fepasa, a ferrovia atendia o trecho entre Santos e Registro. Após esta estação, o atendimento era exclusivo para cargas.
Ainda não há detalhes da concepção de serviço a ser adotada na região. O trecho poderia comportar desde um tramo de Trem Intercidades (média velocidade) até um sistema de transporte regional convencional como trem metropolitano ou VLT de média distância.
Sabe-se que o governo do estado estuda alternativas para o TIC Santos que passem pela ferrovia desativada. Na alternativa via Mongaguá parte da ferrovia entre Santos e Cajati será recuperada.
Com cada vez menos influência na região metropolitana, a CPTM deverá focar esforços em projetos ferroviários ao longo do estado de São Paulo.
Existe a possibilidade de que tais trechos ferroviários sejam concedidos para a iniciativa privada.
