O sistema de sinalização, atrelado ao sistema de energia, permite uma operação cada vez mais célere, aumentando a oferta de lugares. A CPTM pretende concluir uma série de novos sistemas nas Linhas 9-Esmeralda, 10-Turquesa, 11-Coral e 12-Safira ao longo dos próximos anos.
No evento Fórum de Debates – Ferrovias em Foco foram divulgados novos prazos para a conclusão desses empreendimentos. Corroborados também pelo plano de negócios 2023-2027, a empresa deverá fazer melhorias em quatro linhas.
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Em 2023 a CPTM deverá concluir a implantação do sistema ATO na Linha 9-Esmeralda. Apesar de operada pela ViaMobilidade, a finalização do sistema ficou contratualmente a cargo da estatal.

Para o ano de 2024/2025 será a vez de finalizar o sistema ATO da Linha 12-Safira. As obras deste sistema já duram diversos anos e pela primeira vez um prazo mais factível é dado pela empresa.
Em 2025 o sistema de controle CBTC será finalizado na Linha 10-Turquesa. Atualmente as obras de implantação tiveram seu ritmo acelerado naquela região.

Por último, já em 2026, a CPTM finaliza a implantação do sistema CBTC na Linha 11-Coral. A mudança permitirá a diminuição dos intervalos e aumento da oferta de trens sem abrir mão da segurança operacional