A Estação Capuava da Linha 10-Turquesa da CPTM deverá ser afetada pelo projeto da segregação sudeste da MRS. O projeto prevê que um novo acesso seja construído para eliminar as interferências com as novas vias de carga.
A Segregação Sudeste é o projeto da MRS Logística que visa a implantação de novas vias férreas exclusivas para o trânsito de trens de carga. Em algumas estações a implantação dessas novas vias vão requerer mudanças nas estações.

No caso da Estação Capuava as novas vias de carga não deverão interferir diretamente com o prédio da estação existente, eliminando intervenções de alta complexidade.
Entretanto, as vias, que deverão passar na porção norte da estação, deverão bloquear um dos acessos e o estacionamento de funcionários da CPTM.

A solução adotada em conjunto com a CPTM foi a implantação de uma nova passarela e um novo acesso. A construção do novo acesso deverá necessitar de desapropriações de imóveis locais.
A passarela por sua vez deverá fazer a ligação entre a Avenida Alberto Soares Sampaio e a estação passando pelas duas vias de carga que serão implantadas. O local foi escolhido como pátio de cruzamento de trens.
Os desenhos ainda mostram que a CPTM deverá realizar a implantação de uma nova via, tendo em vista o projeto do Trem Intercidades até Santos que ainda não possui uma diretriz definida.
O posicionamento da nova via, entretanto, é incompatível com o traçado do TIC que geralmente corre ao lado da via da MRS. Pode-se supor que, caso os trens entre São Paulo e Santos saiam do papel, a Estação Capuava deva passar por uma grande remodelação.
Veja também as adequações nas demais estações da Linha 10-Turquesa:
As obras da Segregação Sudeste da MRS não tem prazo para serem iniciadas. A concessionária deverá investir R$ 1,1 bilhão nas atividades que tem cronograma estimado de conclusão em aproximadamente oito anos.